В рамках осуществления внутренней политики Москва предоставляла украинским гетманам довольно высокую степень самостоятельности: они имели подчинённое себе Запорожское войско, сами распоряжались "войсковым скарбом" - бюджетом Левобережной Украины, жаловали земельные владения старшине и духовенству, требовали подчинения себе от Запорожской Сечи. Кроме того, российские цари почти не вмешивались в войсковой суд.
Однако Москва требовала от гетманов присылки подробных сведений о наиболее значимых внутриполитических мероприятиях, проводимых ими, причём в большей степени это касалось финансово-экономических вопросов. Причина контроля заключалась в желании центральной власти не допустить на Левобережной Украине казнокрадства, тем более что дефицит войскового бюджета финансировался из российской казны. Российские цари также ставили перед гетманами задачу обеспечения лояльности Запорожской Сечи. В остальном Москва интересовалась только теми внутриполитическими вопросами, которые касались русско-украинских отношений и внешней политики.
Во внутриполитической деятельности И. Самойловича можно выделить следующие направления: 1) укрепление гетманской власти; 2) мероприятия по преобразованию военных сил;3) новшества в финансовой сфере; 4) меры в рамках социальной политики; 5) отношения с Запорожской Сечью.